Este problema surgiu-me quando este semestre passei a ter que usar com mais frequência Windows, pois tenho cadeiras que assim o exigem (SQL Server & Cia…). Tinha o Thunderbird instalado e configurado no Ubuntu e queria partilhar o perfil entre ambos os SO.

A solução que encontrei passa pela instalação em Windows do Ext2 Installable File System For Windows. Esta aplicação permite montar as partições de Linux em Windows e ter-lhes acesso como se uma partição em NTFS ou FAT se tratassem. Depois do Thunderbird estar instalado nos dois lados, basta alterar o ficheiro profiles.ini que se encontra em C:\Documents and Settings\<NomeUtilizador>\Application Data\Thunderbird alterando o caminho para a pasta onde se encontra o perfil. Em baixo está o exemplo do meu caso:

[Profile0]
Name=default
IsRelative=0
Path=Y:\<NomeUtilizador>\.mozilla-thunderbird\jdfyrnoc.default

Agora, basta iniciar o Thunderbird que ele assumirá o novo caminho para a pasta.

Dica inspirada neste artigo.

Have fun! :D